La première et non officielle finale de la Super Coupe de l'UEFA, s'est disputée en 1972 entre l'AFC Ajax, vainqueur de la Coupe des clubs champions européens, et le Rangers FC, vainqueur de la Coupe des vainqueurs de coupe européenne 1971/72.

En 1973, les Rangers cherchaient à fêter leur centenaire. Les Écossais ont donc invité l'Ajax pour une rencontre amicale en match aller-retour lors de l'été 1972. Pour rendre les choses plus attrayantes, un journal néerlandais – "De Telegraaf" – avait contribué à la réalisation d'un trophée destiné au vainqueur.

Le journaliste Anton Witkamp est souvent considéré comme l'inventeur de cette compétition. L'Ajax, et le football néerlandais en général, connaissant une période dorée dans les années 70, Witkamp a reconnu que cette confrontation était une manière de faire la démonstration des talents des formations néerlandaises.

"C'était l'occasion de fêter l'Ajax et Cruyff", avouait-il plus tard. "L'idée s'est développée pendant l'ère du football total. Notre ère. Quatre Coupes européennes consécutives remportées avec Feyenoord et l'Ajax. Ils ne cherchaient pas seulement la gloire et l'argent mais aussi le droit d'être reconnus comme les meilleurs."

À l'origine, Witkamp et Jaap van Praag, le président de l'Ajax, avaient approché le président de l'UEFA, Artemio Franchi, pour obtenir son agrément officiel. Mais la suspension d'un an des Rangers pour le comportement de ses supporteurs de l'époque l'a empêché.

Les matches ont quand même eu lieu. Le 16 juin 1972, l'Ajax s'imposait 3-1 à Glasgow avant de remporter le match retour 3-2 confirmant ainsi sa supériorité et le prestige de la Coupe des clubs champions par rapport à la Coupe des vainqueurs de coupe européenne.

La première finale disputée sous l'égide de de l'UEFA se déroulait en janvier 1974, même s'il s'agissait en fait de la finale 1973. L'Ajax s'imposait sur un score cumulé de 6-1 face à l'AC Milan.

La Super Coupe de l’UEFA n'a pas eu lieu en 1981 en raison de l'impossibilité du Liverpool FC de trouver une date pour rencontrer le FC Dinamo Tbilisi. La compétition fut également suspendue après la tragédie du Heysel, en 1985. La Juventus n'a pas pu affronter l'Everton FC, vainqueur de la Coupe des vainqueurs de coupe européenne, suite à l'interdiction faite aux clubs anglais de jouer sur la scène européenne pendant cinq ans.

Même si la Super Coupe a toujours été jouée en matches aller-retour jusqu'en 1998, il y a eu trois exceptions. En 1984, Liverpool et la Juventus n'étaient parvenus à tomber d'accord que sur une seule date. L'édition de 1986, étrangement jouée en février 1987, se voulait un match de gala disputé à Monaco pour la première fois. Le FC Steaua Bucuresti et le FC Dynamo Kyiv ont alors disputé la finale sur un seul match.

En 1991, la finale, qui aurait dû opposer en match aller-retour le Manchester United FC aux champions d'Europe du FK Crvena Zvezda s'est jouée sur un match à Old Trafford. Les troubles politiques dans l'ancienne Yougoslavie ne permettaient pas de match retour.

Depuis que la compétition s'est établie à Monaco de 1998 à 2012, marquant le début de la saison. Depuis 2000 les vainqueurs de la Champions League se disputent le trophée avec les vainqueurs de la Coupe UEFA (UEFA Europa League depuis 2010) plutôt qu'avec les vainqueurs de la défunte Coupe des vainqueurs de coupe européenne. Le trophée se dispute désormais dans une ville européenne différente chaque année.