Tourisme de masse, disparition des milieux naturels et pollution, ce trio dévastateur fait que les Alpes, région naturelle comptant parmi les plus riches d’Europe, sont également une des zones de montagne les plus intensivement exploitées au monde. Parmi les dangers majeurs, on peut noter : 

L'urbanisation

La croissance des centres urbains menace les toutes dernières zones naturelles qui existent encore dans les Alpes. Parce qu’elles sont facilement accessibles, les vallées du Rhône, du Rhin, de l’Inn, de l’Adige ainsi que celles d’autres rivières importantes ont déjà perdu le plus clair de leur biodiversité suite à l’étalement urbain.

La circulation

Les réseaux routiers et ferroviaires denses de ces vallées ont un coût élevé. Ces infrastructures de transport, qui monopolisent l’espace, génèrent du bruit et polluent l’atmosphère. Elles sont également une des causes principales de la fragmentation des milieux naturels, et constituent un obstacle physique majeur pour les espèces de la région.

Le tourisme

Le tourisme est une industrie importante dans les Alpes, ainsi qu’un des principaux moteurs de leur urbanisation. Les stations balnéaires, très étendues, occupent bien plus d’espace que les communes non touristiques. Ce problème est encore plus visible dans les régions reculées des Alpes, qui autrement seraient à l’abri de l’étalement urbain.

L'agriculture

Avec la généralisation de l’industrialisation et de la mondialisation, la gestion traditionnelle des territoires n’est plus économiquement viable. Trop souvent, l’exploitation des zones agricoles trop isolées est laissée à l'abandon, tandis que celle des zones plus favorables à l’agriculture s’intensifie. Cette tendance a conduit au déclin de la biodiversité : les pâturages de montagne aux espèces très nombreuses sont souvent transformés en « déserts verts » qu’on suralimente en engrais, ou envahis par la forêt.

La modification des rivières

Les cours d’eau alpins subissent depuis maintenant très longtemps des modifications et des pollutions importantes. Les berges, qui régulent les inondations, ont été isolées des rivières et transformées en champs ou en zones urbaines. La correction des cours d’eaux et les barrages hydroélectriques détruisent les milieux aquatiques alpins : les zones de frai sont anéanties et les trajets migratoires coupés avec, en général, des effets dévastateurs sur les organismes d’eau douce endémiques et spécialisés.

Le changement climatique

Le réchauffement climatique aura un impact particulièrement lourd sur les zones de montagne. On prévoit des modifications du cycle habituel des précipitations (pluie et neige) ainsi qu'une forte augmentation de la fréquence et de l’intensité des catastrophes naturelles, telles que les inondations et les avalanches. 

Au cours du XXème siècle, le réchauffement climatique a provoqué le recul de tous les glaciers des Alpes et permis la migration des plantes en altitude.